In Fuerteventura findet man in vielen Städten kleinere und größere Häfen, denn der Seeweg war lange Zeit die einzige Möglichkeit, mit anderen Inseln oder Ländern in Kontakt zu treten. Der größte Hafen von Fuerteventura ist jedoch zweifelsfrei der Hauptstadthafen in Puerto del Rosario. Dieser Hafen ist nicht nur Umschlagsort wichtiger Handelsprodukte, sondern auch Anlaufstelle für Menschen, die Fuerteventura Reisen als Kreuzfahrt buchen. Bei diesen Kreuzfahrten ist es möglich, nicht nur die Insel Fuerteventura kennenzulernen, sondern auch die anderen Kanareninseln zu besuchen und so einen Überblick über die schönsten Ziele der Region zu erhalten. Von hier aus ist es schließlich auch möglich, Fährverbindungen zu den anderen kanarischen Inseln Gran Canaria, Lanzarote oder Teneriffa zu buchen und diese Inseln etwa während eines Tagesausflugs zu besuchen.
Neben dem großen Hafen in Puerto del Rosario finden sich auf Fuerteventura weitere kleinere Häfen, so zum Beispiel in Corralejo, Caleta de Fuste oder in Morro Jable. Diese Häfen erreichen Gäste, die eine Pauschalreise nach Fuerteventura gebucht haben, in aller Regel nur als Ausflugsziele, denn häufig ankern hier lediglich Fischerboote. Mitunter findet man hier auch einige Ausflugsboote, mit denen Reisende, die einen Fuerteventura Urlaub günstig gebucht ahben, dann auf den Atlantik hinaus fahren und etwa Delfine oder Wale in ihrer natürlichen Umgebung beobachten können. Auch Inselumrundungen werden mitunter angeboten.